Le rôle exact du fondateur de la mécanique quantique pendant la guerre est resté un sujet de controverse. Ce qui est certain, c’est que le savant a dirigé les laboratoires de physique nucléaire allemands sous l’administration nazie. Avant guerre, l’Allemagne a disposé des spécialistes les plus savants en la matière et la réaction en chaîne n’avait aucun secret pour eux.
C’est ce qui a amené Einstein, exilé aux États-Unis, à envoyer en 1939, sa célèbre lettre au président Roosevelt pour l’informer que la science permettait de réaliser une bombe infiniment plus destructrice que les armes conventionnelles.
Les équipes d’Heisenberg étaient restées très avancées malgré l’hémorragie de cerveaux considérable qu’avait provoquée la politique nazie contre la « science juive » et plus généralement contre les milieux intellectuels, qu’ils soient littéraires, scientifiques ou religieux.